Lo studio del proteoma (tutte le proteine di un organismo). vuol dire conoscere: • le proteine che sono presenti • definire la loro struttura • studiare le interazioni di queste proteine • come si possono correlarle con la genomica Il proteoma è un'entità dinamica, perchè cambia continuamente all'interno del solito microrganismo.

studiare dal punto di vista ecologico gli ambienti estremi dove ci sono microrganismi. Es.a Richmond c'è un ambiente acido e la comunità di microrganismi forma un biofilm (di colore rosato). Inoltre trovati altri nanorganismi (appartenenti agli archea con estroflessioni particolari). Un'altra zona è il mar dei Sargassi dove crescono le alghe in vere aree giganti […]

Se gli antibiotici che fungono da mediatori nella comunicazione la loro scoperta sarà diretta da uno screening metagenomico di cloni per i composti segnale come i composti inibitori Un sorprendente risultato di un gruppo di Davies ha indicato che una concentrazione sub-inibitoria di molti antibiotici induce il quorum sensing. Il sistema di screening è stato […]

La scoperta di piccole molecole tramite la metagenomica funzionale è concentrata su antibiotici per le applicazioni farmaceutiche e per il loro ruolo nell'ecosistema. Gli antibiotici tradizionalmente scrinati sono da molecole che inbiscono la crescita batterica a antibiotici delle librerie metagenomiche.

La frequenza dei cloni metagenomici che esprimono una qualche attività è bassa. Per esempio nella ricerca di cloni lipolitici derivati dal German soil, soltanto 1 su 730 mila cloni mostra attività. La scarsità dell'attività dei cloni necessita perciò di uno sviluppo di uno screening efficiente e di una selezione per scoprire nuove molecole o attività.

Tutto è partito dalla produzione di una libreria di mutanti random prodotta utilizzando un trasposone. Per produrla si usano trasposoni della famiglia TN10. In un plasmide è presente questo trasposone che ha sequenze "IS" al 3' ed al 5', al suo interno c'è una cassetta che codifica per una proteina che da resistenza alla spectinomicina. […]

La metagenomica è la disciplina scientifica che ha come obiettivo la scoperta di nuovi organismi o geni in grado di produrre combustibile, rilevare metalli e bonificare siti. Si basa sul sequenziamento del genoma di microrganismi, la cui analisi effettuata nel proprio habitat naturale viene definita metagenoma. La maggior parte di questi organismi sono di difficile […]

Può funzionare però si deve essere consapevoli che ci può essere qualche piccolo inconveniente. Generazione di cDNA a partire dall’RNA messaggero, che viene clonato nel vettore di espressione plasmidico che deve avere: legame al ribosoma, terminatore, promotore forte inducibile etc.

Invece di lavorare con il messaggero che è molto instabile e che è velocemente degradato si lavora con il c-DNA ottenibile per retrotrascrizione. Per l'espressione va bene il c-dna ma se volessi ricercare un gene non posso usarlo perchè mancano gli introni e non sarebbe esattamente uguale al mio gene.